จุลินทรีย์ประจำถิ่น คือ จุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ตามผิวหนัง ตา หู ช่องปาก ทางเดินหายใจ ทางเดินอาหาร ทางเดินระบบปัสสาวะและระบบสืบพันธุ์ ส่วนใหญ่ไม่ทำให้เกิดโรค ซึ่งจุลินทรีย์นั้นอาศัยร่างกายของเราตั้งแต่เกิดจนถึงตาย โดยจะเริ่มได้รับเชื้อจุลินทรีย์ขณะที่คลอดผ่านช่องคลอด เริ่มต้นสัมผัสกับสิ่งแวดล้อมภายนอก และเริ่มรับเอาจุลินทรีย์ต่าง ๆ เข้าสู่ร่างกาย ทั้งโดยการสัมผัส การกินอาหาร การหายใจ จากนั้นค่อย ๆ มีการเปลี่ยนแปลง จนกระทั่งจะมีจุลินทรีย์จำนวนหนึ่งอยู่กับเราไปจนตลอดชีวิต เรียกว่า จุลินทรีย์ประจำถิ่น (normal flora) เราจะพบจุลินทรีย์ประจำถิ่นได้ในทุกที่ ไม่ว่าจะเป็นผิวหนัง ทางเดินหายใจ ทางเดินปัสสาวะ ระบบย่อยอาหาร ส่วนอวัยวะที่ไม่พบจุลินทรีย์อาศัยก็คือ สมอง ระบบเลือด ระบบน้ำเหลือง และปอด

ประโชย์ของจุลินทรีย์ประจำถิ่น
* ช่วยในกระบวนการเมตาบอริซึมของอาหาร ทำให้สร้างปัจจัยที่จำเป็นในการเจริญของร่างกาย เช่น วิตารมินต่างๆ
* ช่วยในการควบคุมการเพิ่มจำนวนจุลินทรีย์ก่อโรคโดยวิธีต่างๆ เช่น การแย่งอาหาร การแย่งจับกับตัวรับจำเพาะ การสร้างสารออกมายับบั้งการเจริญของจุลินทรีย์อื่นๆ

โทษของจุลินทรีย์ประจำถิ่น
* หากมีภาวะผิดปกติ เช่น การใช้สารต้านจุลชีพอาจยับยั้งจุลินทรีย์ได้ ทำให้จุลินทรีย์ก่อโรคเพิ่มจำนวนมากขึ้น
* จุลินทรีย์ประจำถิ่น หากมีน้อยจะไม่ก่อให้เกิดอันตราย แต่หากมีการกระตุ้นให้มีจำนวนมากขึ้นก็อาจจะกลายเป็นจุลินทรีย์ก่อโรคได้

สาเหตุที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของจุลินทรีย์ประจำถิ่น

* การใช้ยาต้านจุลชีพ
* อาหารบางชนิด
* กรดในกระเพราะอาการ
* อายุ
* ฮอร์โมน
* สุขภาพส่วนบุคคล